Er is niet echt zekerheid over het ontstaan van waterpolo. De Engelse sportjournalist en oud-waterpolospeler Kelvin Juba noemt een zekere William Wilson, in 1844 uit Schotse ouders geboren, als de uitvinder van het 'handbal in water'. Hem zou in 1876 door zijn zwemvereniging Aberdeen zijn gevraagd regels voor een balspel te water te ontwerpen. In 1877 zou de eerste officiële waterpolowedstrijd zijn gespeeld tijdens het Bon Accord Swimming Festival in de Schotse rivier de Dee. Het is niet bekend of Wilson het spel verder heeft ontwikkeld.

In 1885 werd waterpolo officieel erkend. In 1887 werden voor de eerste maal echte doelen gebruikt. In 1888 werd in Engeland een waterpolocommissie opgericht en het eerste nationale kampioenschap gespeeld. In datzelfde jaar werden regels vastgelegd en werd het spel vanuit Engeland naar de Verenigde Staten (Boston) geëxporteerd. Het waterpolo won snel aan populariteit. In 1894 begon men er in Duitsland en Oostenrijk mee, in 1895 in Frankrijk, in 1897 in Hongarije en 1900 in Italië.

Leiden (LZ 1886) en Amsterdam (Het Y en DJK, beide opgericht in 1892) waren de eerste steden in Nederland waar de waterpolosport beoefend werd.